Gerbang menuju Dunia Digital telah ditutup selama tiga tahun. Taichi Yagami dan teman-temannya telah pindah, dan sekarang dia berada di tahun kedua sekolah menengah, inilah saatnya baginya untuk tumbuh dewasa. Sementara semua orang tahu apa yang ingin mereka lakukan dengan hidup mereka, Taichi tetap tidak yakin. Sementara itu, grup semakin menjauh saat mereka mengikuti jalan mereka sendiri.
Suatu hari, Digimon insektoid jahat bernama Kuwagamon muncul dan mengganggu perangkat elektronik di seluruh kota. Taichi dengan ceroboh mengejarnya dan berakhir terpojok oleh Digimon yang menyerang. Tiba-tiba Digivice yang masih dibawanya — perangkat digital yang melayani berbagai keperluan termasuk membantu partner Digimon seseorang untuk berevolusi — menyala, dan Agumon muncul. Keduanya mampu mengalahkan Kuwagamon, tapi mengapa Digimon menyeberang ke dunia ini? Apa yang terjadi di Dunia Digital, dan bagaimana sebenarnya hal ini melibatkan Meiko Mochizuki, murid pindahan baru di kelas Taichi?