Penemuan hypergate di Bulan pernah memungkinkan umat manusia untuk berteleportasi ke Mars. Mereka yang memilih untuk menetap di sana menemukan sebuah teknologi yang jauh lebih maju daripada yang ada di planet asal mereka, yang mereka beri nama “Aldnoah.” Penemuan ini menyebabkan berdirinya Vers Empire of Mars dan deklarasi perang melawan “Terrans,” mereka yang tetap tinggal di Bumi. Namun, pertempuran di bulan — yang kemudian disebut “Kejatuhan Surga” —menyebabkan hypergate meledak, menghancurkan bulan dan memimpin dua planet untuk membuat gencatan senjata yang tidak mudah.
Namun, kedamaian mereka rapuh. Lima belas tahun kemudian, siswa sekolah menengah Inaho Kaizuka menyaksikan rencana pembunuhan Putri Asseylum Vers Allusia dari Kerajaan Vers, yang datang ke Bumi dengan harapan memperbaiki hubungan antara kekaisaran dan tanah airnya. Gencatan senjata dihancurkan, dan Mars menyatakan perang terhadap Terrans sekali lagi. Dalam menghadapi musuh yang tidak dapat diatasi ini, Inaho dan teman-temannya sekarang harus berperang melawan Kekaisaran Vers untuk menyelesaikan perang untuk selamanya.