Akademi Militer Barsburg Empire dikenal untuk melatih elit yang membawa kemenangan ke kekaisaran. Siswa akademi dengan bebas menggunakan kemampuan yang disebut “Zaiphon” untuk bertarung, sedangkan tipe Zaiphon yang dapat digunakan bergantung pada sifat prajurit.
Teito Klein, seorang siswa di akademi, adalah salah satu prajurit paling menjanjikan yang dihasilkan. Meskipun diejek oleh semua orang karena menjadi sklave (bahasa Jerman untuk budak) tanpa ingatan masa lalunya, dia berteman dengan seorang siswa bernama Mikage. Saat mempersiapkan ujian akhir, Teito menyingkap rahasia kelam terkait masa lalunya. Ketika upaya untuk membunuh Ayanami, seorang pejabat tinggi yang membunuh ayahnya, gagal, Teito dikurung menunggu hukuman.
Hanya menginginkan yang terbaik untuk Teito, Mikage membantunya melarikan diri. Teito berakhir di Gereja Distrik ke-7 di mana dia dibawa oleh para uskup. Di sinilah Teito berusaha menghindari cengkeraman Ayanami dan Militer, sehingga dia bisa menemukan kembali ingatannya dan belajar mengapa dia adalah orang yang bisa mengubah nasib dunia.