Setelah menang dari turnamen bawah tanah yang brutal, Baki Hanma melanjutkan perjalanannya untuk mengalahkan ayahnya, Yuujirou, orang terkuat di dunia. Namun, ia tidak mendapat waktu istirahat saat pelari turnamen, Tokugawa Mitsunari, mengunjunginya di sekolah. Dia mengungkapkan kepada Baki bahwa lima terpidana mati yang sangat berbahaya dari seluruh dunia — semuanya ahli dalam seni bela diri — telah lolos dari kurungan secara bersamaan dan menuju ke Tokyo, masing-masing ingin tahu rasa kekalahannya. Tokugawa memperingatkan bahwa, karena kekuatannya yang terkenal, Baki pasti akan bertemu mereka cepat atau lambat, dan dia bukan satu-satunya target mereka.

Mengadaptasi kisah pertama dari seri manga kedua, Baki berpusat pada perang habis-habisan antara seniman bela diri Jepang yang terhormat dan orang-orang dari dunia bawah tanah yang gelap.