Yoichi Isagi hanya beberapa saat lagi dari mencetak gol yang akan mengirim tim sepak bola sekolah menengahnya ke tingkat nasional, tetapi keputusan sepersekian detik untuk mengoper bola ke rekan setimnya membuatnya kehilangan kenyataan itu. Pahit, bingung, dan kecewa, Isagi bertanya-tanya apakah hasilnya akan berbeda seandainya dia tidak lolos. Saat striker muda itu pulang, undangan dari Japan Football Union menantinya. Melalui proses pengambilan keputusan yang sewenang-wenang dan bias, Isagi adalah satu dari tiga ratus striker U-18 yang dipilih untuk proyek kontroversial bernama Blue Lock.
Tujuan utama proyek ini adalah mengubah salah satu pemain terpilih menjadi striker bintang tim nasional Jepang. Untuk menemukan peserta terbaik, setiap berlian harus bersaing dengan yang lain melalui serangkaian kompetisi solo dan tim untuk naik ke puncak. Mengesampingkan keberatan etisnya terhadap proyek tersebut, Isagi merasa terdorong untuk berjuang menuju puncak, bahkan jika itu berarti menghancurkan impian 299 striker muda yang bercita-cita tinggi.