Kapten Tsubasa adalah kisah penuh gairah dari seorang siswa sekolah dasar yang pikiran dan mimpinya hampir seluruhnya berkisar pada cinta sepak bola. Tsubasa Oozora yang berusia 11 tahun mulai bermain sepak bola pada usia yang sangat muda, dan meskipun sebagian besar hanya olahraga rekreasi untuk teman-temannya, baginya, itu berkembang menjadi semacam obsesi.

Untuk mengejar mimpinya dengan kemampuan terbaiknya di sekolah dasar, Tsubasa pindah bersama ibunya ke kota Nankatsu, yang terkenal dengan tim sepak bola sekolah dasar yang sangat baik. Tetapi meskipun dia dengan mudah menjadi yang terbaik di kota lamanya, Nankatsu memiliki lebih banyak persaingan, dan dia akan membutuhkan semua keterampilan dan bakatnya untuk menonjol dari kerumunan baru ini.

Dia tidak hanya bertemu dengan rival, tetapi juga teman baru seperti gadis cantik Sanae Nakazawa dan kiper berbakat, Genzo Wakabayashi, yang memiliki semangat yang sama dengan Tsubasa, dan akan terbukti menjadi teman yang berharga dalam membantunya mendorong mimpinya. Mewakili Jepang di Piala Dunia FIFA adalah impian utama Tsubasa, tetapi dibutuhkan lebih dari sekadar bakat untuk mencapainya.