Shinichi Kudou, seorang siswa sekolah menengah dengan bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, dia secara tidak sengaja menjadi saksi aktivitas ilegal yang mengganggu. Sayangnya, dia tertangkap basah, jadi orang-orang itu memberinya obat percobaan yang diformulasikan oleh organisasi kriminal mereka, meninggalkannya sampai mati. Namun, dengan herannya sendiri, Shinichi hidup untuk melihat hari lain, tetapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun.

Dengan menjaga kecerdasan aslinya, dia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk tujuan ini, ia mengambil nama samaran Conan Edogawa, terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa.

Detektif Conan mengikuti Shinichi yang, sebagai Conan, mulai secara diam-diam menyelesaikan kasus Mouri senior dari balik layar dengan keahliannya yang masih luar biasa, sambil diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas keadaannya saat ini, berharap untuk membalikkan efek obat itu suatu hari nanti.