Sekarang memiliki Edens Zero, Shiki Granbell telah mengumpulkan Empat Bintang Cemerlang. Dengan bantuan teman-teman barunya, Shiki akan mampu menembus Dragonfall—perbatasan Sakura Cosmos yang dipenuhi naga mekanik. Setelah itu tercapai, dia dapat melanjutkan pencariannya untuk menemukan Dewi Ibu.
Sebelum kru Edens Zero dapat melanjutkan perjalanan mereka, mereka melihat sebuah kapal perang misterius mengikuti mereka. Setelah mengetahui bahwa kapal tersebut—Belial Gore—milik Drakken Joe, Shiki dan krunya berusaha menyusup ke dalamnya, berniat mencari tahu mengapa Dark Alchemist mengejar mereka. Dalam prosesnya, Edens Zero disandera oleh anak buah Drakken.
Meski berada dalam situasi sulit, Shiki menolak untuk mundur. Bekerja sama dengan teman-temannya, Shiki harus mengalahkan Dark Alchemist jika dia berharap bisa keluar dari Belial Gore hidup-hidup.