Siswa sekolah menengah dan gamer Suigin Riku menghadiri Akademi Swasta Shinryou yang bergengsi, sekolah untuk kaum elit dan anak-anak orang kaya. Tapi kaya atau kaya bukanlah kata-kata yang menggambarkan Suigin; pada kenyataannya, dia sangat miskin dan harus bekerja banyak pekerjaan paruh waktu untuk membayar uang sekolahnya. Selama satu pekerjaan, dia menyelam ke kolam untuk menyelamatkan kucing peliharaannya, sepenuhnya sadar bahwa dia tidak bisa berenang. Untungnya, dia diselamatkan oleh Rei Riku, putri cantik dan populer dari seorang pengembang game, dan dia jatuh cinta padanya.
Dia juga tertarik pada gadis lain: teman baru yang dia temui di Dungeon Century, RPG online favoritnya. Tetapi ketika game tersebut dijadwalkan untuk ditutup, dia tahu petualangannya dengannya akan segera berakhir. Namun, sehari setelah game ditutup, dia mengetahui bahwa Rei dan gadis online itu adalah satu dan sama. Segera setelah itu, Rei memberi Suigin sebuah game baru yang dimaksudkan untuk menggantikan Dungeon Century — sebuah game perampokan makam bernama Grave Buster. Tapi saat Rei tiba-tiba diculik, Suigin ditarik ke dalam Grave Buster untuk menyelamatkannya.
Gin no Guardian mengikuti Suigin saat dia bermain melalui Grave Buster untuk menyelamatkan Rei, sambil mengungkap rahasia yang tersembunyi di dalam game.