Gintoki, Shinpachi, dan Kagura kembali sebagai anggota tim Yorozuya yang suka bersenang-senang tetapi menghancurkan! Hidup dalam realitas alternatif Edo, di mana pedang dilarang dan penguasa alien telah menaklukkan Jepang, mereka mencoba untuk berkembang dalam melakukan pekerjaan apa pun yang bisa mereka lakukan. Namun, Shinpachi dan Kagura masih belum dibayar … Apakah Gin-chan benar-benar menghabiskan semua uang itu untuk bermain pachinko?
Sementara itu, saat Gintoki dalam keadaan mabuk terhuyung-huyung pulang pada suatu malam, sebuah pesawat luar angkasa asing jatuh di dekatnya. Seorang anggota kru yang terluka parah muncul dari kapal dan memberi Gintoki perangkat aneh berbentuk jam, memperingatkannya bahwa itu sangat kuat dan harus dijaga. Salah mengira itu adalah jam alarmnya, Gintoki melanjutkan untuk menghancurkan perangkat keesokan paginya dan tiba-tiba menemukan bahwa dunia di luar apartemennya telah terhenti. Dengan Kagura dan Shinpachi di sisinya, dia berangkat untuk memperbaiki perangkat; meskipun, seperti biasa, tidak ada yang sesederhana itu bagi tim Yorozuya.
Dipenuhi dengan humor yang menggugah selera dan momen-momen emosi yang menyentuh hati, musim keempat Gintama menemukan Gintoki dan teman-temannya menghadapi kesialan paling lucu dan krisis paling berbahaya.