Saat itu tahun 2071. Umat manusia telah hampir punah menyusul munculnya monster pemakan manusia yang disebut “Aragami” yang memiliki kekebalan terhadap persenjataan konvensional. Mereka merusak tanah, menghabiskan hampir semua yang ada di jalan mereka dan tidak meninggalkan apa pun di belakang mereka. Untuk memerangi mereka, sebuah organisasi bernama Fenrir dibentuk sebagai upaya terakhir untuk menyelamatkan umat manusia melalui penggunaan “God Eater” —manusia khusus yang diinfuskan dengan sel Oracle, memungkinkan mereka untuk menggunakan God Arc, satu-satunya senjata yang diketahui mampu membunuh seorang Aragami. Salah satu God Eater tersebut adalah Lenka Utsugi, Tipe Baru yang God Arc-nya berbentuk pedang dan pistol.

Sekarang, sebagai salah satu senjata terhebat Fenrir, Lenka harus menguasai God Arc-nya jika dia ingin memenuhi keinginannya untuk memusnahkan Aragami untuk selamanya. Monster terus dilahirkan secara massal sementara sisa-sisa umat manusia berjuang untuk bertahan hidup di malam hari. Hanya God Eater yang berdiri di antara Aragami dan pemusnahan total dan total umat manusia.