Setelah penghentian MMORPG realitas maya yang sangat populer “The World,” versi baru dari game tersebut — The World R: 2 — dihadirkan secara online. Pada hari pertamanya dalam game, pendatang baru Haseo mengira dia telah berteman dengan beberapa orang. Namun, seolah mengejek sentimennya, mereka membunuh karakternya hanya untuk iseng. Untungnya, dia diselamatkan oleh pemain misterius berlengan satu bernama Ovan yang menawarkan untuk mengajaknya berkeliling Dunia.
Bersama Ovan dan teman ulama Shino, Haseo menikmati tahun pertama yang indah dalam permainan. Namun kehidupan damai ini hancur saat karakter Shino dibunuh oleh sosok familiar yang dikenal dengan sebutan Tri-Edge, yang semua korbannya telah jatuh koma di dunia nyata. Dalam kemarahan, Haseo bersumpah untuk menemukan Tri-Edge yang sulit dipahami dan membunuhnya.
Berlangsung selama Haseo ‘.hack // Roots menjelajahi persahabatan yang dibangun Haseo di dalam game sebelum Tri-Edge memisahkan mereka.