Mahiro Yasaka hanyalah seorang siswa SMA biasa, hingga suatu saat ia tiba-tiba diserang oleh monster yang berbahaya. Tepat ketika semuanya tampak hilang, dia diselamatkan oleh seorang gadis berambut perak bernama Nyaruko, yang mengaku sebagai dewa pengubah bentuk Nyarlathotep dari penulis horor H. P. Lovecraft’s Cthulhu Mythos, dikirim oleh Badan Pertahanan Antariksa ke Bumi. Dia menjelaskan kepada Mahiro bahwa makhluk yang mengejarnya adalah alien bernama Nightgaunt, yang berencana untuk menculik dan menjualnya sebagai budak.
Setelah menyelamatkannya dari alien, dewa Lovecraftian jatuh cinta dengan Mahiro dan memaksa dirinya masuk ke rumahnya, yang membuatnya kecewa. Selain itu, mereka segera bergabung dengan dua orang lain dari alam fiksi: Cthuko, seorang gadis yang terobsesi dengan Nyaruko, dan Hasuta, seorang anak laki-laki yang mudah disalahartikan sebagai wanita cantik. Bersama-sama, tiga alien eksentrik melindungi Mahiro dari berbagai bahaya luar angkasa yang mengancam kesejahteraannya dan Bumi, sambil membuat hidupnya seperti neraka.