Di masa depan yang jauh, manusia meninggalkan Bumi yang hancur dan melakukan perjalanan ke luar angkasa. Namun, karena fenomena yang tidak diketahui yang mencegah mereka melakukan perjalanan ke luar angkasa, umat manusia kembali ke Bumi hanya untuk menemukannya tidak ramah kecuali Jepang.
Untuk mengakomodasi seluruh populasi manusia, dimensi saku dibuat di sekitar Jepang untuk menampung penduduk. Untuk menemukan cara untuk kembali ke luar angkasa, manusia mulai menghidupkan kembali sejarah manusia menurut kitab Suci Perjanjian. Tetapi pada tahun 1413 Era Perjanjian, bangsa-bangsa dari dimensi saku menyerang dan menaklukkan Jepang, membagi wilayah itu menjadi wilayah kekuasaan feodal dan memaksa penduduk asli Jepang untuk pergi.
Sekarang tahun 1648 Era Perjanjian, para pengungsi Jepang sekarang tinggal di kapal kota Musashi, di mana kapal itu terus-menerus berkeliling Jepang sambil diawasi oleh Persatuan Perjanjian, otoritas yang menjalankan pemberlakuan kembali sejarah. Namun, rumor kiamat dan perang mulai menyebar ketika Perjanjian berhenti mengungkapkan apa yang terjadi selanjutnya setelah 1648.
Memanfaatkan situasi ini, Toori Aoi, ketua Federasi Tertinggi Akademi Musashi Ariadust dan Ketua OSIS, memimpin teman-teman sekelasnya untuk menggunakan kesempatan ini untuk mendapatkan kembali tanah air mereka.