Setelah merayakan kemenangan mereka melawan Al-Thamen, Aladin dan kawan-kawan meninggalkan tanah Sindria. Namun, dengan berakhirnya pertempuran, tibalah waktunya bagi masing-masing dari mereka untuk berpisah. Hakuryuu dan Kougyoku diperintahkan untuk kembali ke negara asal mereka, Kekaisaran Kou. Sementara itu Aladdin mengumumkan bahwa dia harus pergi ke Magnostadt — sebuah negara misterius yang diperintah oleh para penyihir — untuk menyelidiki peristiwa misterius yang terjadi di kerajaan baru ini dan menjadi lebih ahli dalam sihir. Sementara itu, didorong oleh kata-kata Aladdin, Alibaba dan Morgiana juga berangkat mengejar tujuan mereka sendiri: masing-masing berlatih dan pergi ke tanah air.
Magi: The Kingdom of Magic mengikuti teman-teman ini saat mereka melakukan petualangan masing-masing, masing-masing menghadapi tantangan mereka sendiri. Namun, ancaman baru mulai meningkat saat perang besar membayangi cakrawala …