Pada awal abad ke-21, sihir, yang telah lama dianggap sebagai cerita rakyat dan dongeng, telah menjadi teknologi yang tersistematisasi dan diajarkan sebagai keterampilan teknis. Di Sekolah Menengah Pertama, institusi untuk pesulap, siswa dipisahkan menjadi dua kelompok berdasarkan nilai ujian masuk mereka: “Blooms,” mereka yang menerima nilai tinggi, ditugaskan ke Kursus Pertama, sedangkan “Weeds” adalah siswa cadangan yang ditugaskan ke Kursus kedua.
Mahouka Koukou no Rettouseimengikuti saudara kandung, Tatsuya dan Miyuki Shiba, yang terdaftar di Sekolah Menengah Pertama. Setelah mengambil ujian, Miyuki yang luar biasa ditempatkan di Kursus Pertama, sementara Tatsuya diturunkan ke Kursus Kedua. Meskipun nilai ujian praktis dan statusnya sebagai “Weed” menunjukkan dia tidak kompeten secara sihir, dia memiliki pengetahuan teknis yang luar biasa, kemampuan tempur fisik, dan teknik sihir yang unik — membuat Tatsuya menjadi orang yang tidak biasa di sekolah menengah sihir.