Sudah dua setengah tahun sejak Naruto Uzumaki meninggalkan Konohagakure, Desa Daun Tersembunyi, untuk pelatihan intensif setelah kejadian yang memicu keinginannya untuk menjadi lebih kuat. Sekarang Akatsuki, organisasi misterius ninja elit nakal, mendekati rencana besar mereka yang dapat mengancam keselamatan seluruh dunia shinobi.
Meskipun Naruto lebih tua dan kejadian-kejadian menyeramkan membayangi di depan mata, dia tidak banyak berubah dalam kepribadian — masih kasar dan kekanak-kanakan — meskipun dia sekarang jauh lebih percaya diri dan memiliki tekad yang lebih besar untuk melindungi teman dan rumahnya. Apapun yang terjadi, Naruto akan terus berjuang untuk apa yang penting baginya, bahkan dengan mengorbankan tubuhnya sendiri, dalam kelanjutan kisah tentang anak laki-laki yang ingin menjadi Hokage.