Dukun adalah individu luar biasa dengan kemampuan berkomunikasi dengan hantu, roh, dan dewa, yang tidak terlihat oleh orang biasa. Pertarungan Shaman—turnamen bergengsi yang mempertemukan para dukun dari seluruh dunia—diadakan setiap lima ratus tahun, di mana pemenangnya dinobatkan sebagai Raja Dukun. Judul ini memungkinkan petahana saat ini untuk memanggil Roh Agung dan membentuk dunia sesuai keinginan mereka.
Mendapati dirinya terlambat masuk kelas pada suatu malam, Manta Oyamada, seorang siswa sekolah menengah biasa, memutuskan untuk mengambil jalan pintas melalui pemakaman setempat. Menyadarinya, seorang bocah laki-laki yang duduk di atas batu nisan mengundang Manta untuk melihat bintang bersama “mereka”. Menyadari bahwa “mereka” mengacu pada bocah itu dan teman hantunya, Manta melarikan diri ketakutan. Kemudian, bocah itu memperkenalkan dirinya sebagai You Asakura, seorang Shaman-in-training, dan menunjukkan kekuatannya dengan bekerja sama dengan hantu samurai Amidamaru berusia enam ratus tahun untuk menyelamatkan Manta dari sekelompok preman. Anda berteman dengan Manta karena kemampuannya untuk melihat roh, dan dengan bantuan Amidamaru, mereka berangkat untuk mencapai tujuan Anda menjadi Shaman King berikutnya.