Masih terancam oleh “Titans” yang merampas kebebasan mereka, umat manusia tetap terkurung di dalam dua tembok yang tersisa. Upaya untuk membasmi monster ini terus berlanjut; Namun, ancaman muncul tidak hanya dari para Titan di balik tembok, tapi dari manusia di dalamnya juga.
Setelah diselamatkan dari Colossal and Armored Titans, Eren Yaeger mengabdikan dirinya untuk meningkatkan bentuk Titan-nya. Krista Lenz berjuang untuk menerima kehilangan temannya, Kapten Levi memilih Eren dan teman-temannya untuk membentuk pasukan pribadinya yang baru, dan Komandan Erwin Smith pulih dari luka-lukanya. Semua tampak baik bagi para prajurit, sampai pemerintah tiba-tiba menuntut hak asuh atas Eren dan Krista. Keberhasilan Survey Corps baru-baru ini telah menarik perhatian, dan wajah familiar dari masa lalu Levi dikirim untuk mengumpulkan tentara yang dicari. Diincar oleh pemerintah, Levi dan pasukan barunya harus menghindari musuh-musuh mereka dengan harapan bisa menjaga Eren dan Krista tetap aman.
Dalam Shingeki no Kyojin Musim 3, Eren dan rekan-rekan tentaranya tidak hanya berjuang untuk bertahan hidup melawan para Titan yang menakutkan, tetapi juga melawan teror musuh yang jauh lebih licik: manusia.