Terlepas dari kekalahan Quinella — pontifex Gereja Axiom — segalanya tampaknya belum tenang. Setelah menghubungi dunia nyata, Kazuto “Kirito” Kirigaya mengetahui bahwa Ocean Turtle — sebuah mega-float yang dikendalikan oleh Rath — diserbu. Karena hubungan pendek mendadak yang disebabkan oleh perampok, fluctlight Kirito rusak, membuatnya koma. Merasa tidak aman dengan orang-orang di Gereja Axiom, Alice membawa Kirito yang tidak sadar kembali ke kampung halaman mereka — Desa Rulid, mengabaikan pengusirannya karena kejahatan yang belum terselesaikan. Sekarang, Alice menjalani kehidupan biasa dan damai di dekat desa, berharap Kirito bangun.
Namun, tragedi menyerang ketika Alice menyadari bahwa Dark Territory telah mulai menyerang Kerajaan Manusia. Mengembalikan alias sebelumnya, Alice Synthesis Thirty, dia berjanji untuk mengalahkan Dark Territory untuk mempertahankan dunia yang Kirito dan Eugeo bekerja keras untuk lindungi.