Soul Translator adalah antarmuka lengkap yang canggih yang berinteraksi dengan Fluctlight pengguna — teknologi yang setara dengan jiwa manusia — dan secara fundamental berbeda dari metode ortodoks dalam mengirimkan sinyal ke otak. Institut swasta Rath bertujuan untuk menyempurnakan kreasi mereka dengan meminta bantuan penyintas Sword Art Online Kazuto Kirigaya. Dia bekerja di sana sebagai karyawan paruh waktu untuk menguji kemampuan sistem di Dunia Bawah: dunia fantastis yang dihasilkan oleh Soul Translator. Sesuai kontrak kerahasiaan, setiap memori yang dibuat oleh mesin di dunia virtual akan dihapus saat kembali ke dunia nyata. Kazuto hanya bisa secara samar-samar mengingat satu nama, Alice, yang menimbulkan rasa tidak nyaman saat disebutkan dalam kenyataan.
Ketika Kazuto mengantar Asuna Yuuki pulang pada suatu malam, mereka menemukan musuh yang tidak asing lagi. Kazuto terluka parah dalam pertarungan berikutnya dan kehilangan kesadaran. Ketika dia sadar, dia menemukan bahwa dia telah terjun penuh ke Dunia Bawah dengan tampaknya tidak ada cara untuk melarikan diri. Dia memulai pencarian, mencari jalan kembali ke dunia fisik sekali lagi.