Saat musim panas tiba bagi para siswa di UA Academy, masing-masing dari superhero-in-training ini melakukan upaya terbaik mereka untuk menjadi pahlawan terkenal. Mereka menuju ke kamp pelatihan hutan yang dijalankan oleh para pahlawan pro UA, di mana para siswa saling berhadapan dalam pertempuran dan menjalani tes berbahaya, meningkatkan kemampuan mereka, dan melampaui batas mereka. Namun, perjalanan sekolah mereka tiba-tiba berubah ketika Liga Penjahat tiba, menyerbu kamp dengan misi untuk menangkap salah satu siswa.
Boku no Hero Academia 3rd Season mengikuti Izuku “Deku” Midoriya, seorang siswa pelatihan yang ambisius untuk mencapai mimpinya menjadi pahlawan yang mirip dengan panutannya — All Might. Menjadi salah satu siswa yang terjebak di tengah kekacauan serangan penjahat, Deku harus mengambil sikap dengan teman-teman sekelasnya dan berjuang untuk kelangsungan hidup mereka.