Ketika tragedi akan terjadi, Satoru Fujinuma mendapati dirinya dikirim kembali beberapa menit sebelum kecelakaan itu terjadi. Seniman manga berusia 29 tahun yang terpisah telah memanfaatkan fenomena kuat namun misterius ini, yang dia sebut “Kebangkitan,” untuk menyelamatkan banyak nyawa.
Namun, ketika dia secara salah dituduh membunuh seseorang yang dekat dengannya, Satoru dikirim kembali ke masa lalu sekali lagi, kali ini ke 1988, 18 tahun yang lalu. Segera, dia menyadari bahwa pembunuhan itu mungkin terkait dengan penculikan dan pembunuhan salah satu teman sekelasnya, Kayo Hinazuki yang menyendiri dan misterius, yang terjadi ketika dia masih kecil. Ini adalah kesempatannya untuk memperbaiki keadaan.
Boku dake ga Inai Machi mengikuti Satoru dalam misinya untuk mengungkap apa yang sebenarnya terjadi 18 tahun lalu dan mencegah kematian teman sekelasnya sambil melindungi orang-orang yang dia sayangi saat ini.