Kisah Gundam Build Fighters Try berlatar 7 tahun setelah berakhirnya seri pertama. Sekarang Klub Pertempuran Gunpla Akademi Seiho hanya memiliki satu anggota, Hoshino Fumina, yang merupakan siswa kelas tiga SMP. Sebagai presiden klub, dia membutuhkan dua anggota lagi untuk berpartisipasi dalam All-Japan Gunpla Battle Championships. Suatu hari dia bertemu dengan seorang siswa pindahan bernama Kamiki Sekai, yang berkeliling untuk pelatihan Kenpo dengan gurunya. Kemudian bergabung dengan seorang pembuat Gunpla muda Kousaka Yuuma, tantangan mereka dalam Pertempuran Gunpla dimulai ....