Hunter x Hunter berlatar dunia di mana Pemburu ada untuk melakukan semua jenis tugas berbahaya seperti menangkap penjahat dan dengan berani mencari harta karun yang hilang di wilayah yang belum dipetakan. Gon Freecss yang berusia dua belas tahun bertekad untuk menjadi Pemburu terbaik dengan harapan menemukan ayahnya, yang juga seorang Pemburu dan telah lama meninggalkan putranya yang masih kecil. Namun, Gon segera menyadari bahwa jalan untuk mencapai tujuannya jauh lebih menantang daripada yang pernah dia bayangkan.
Sepanjang jalan untuk menjadi Hunter resmi, Gon berteman dengan Leorio, dokter-dalam-pelatihan yang hidup, Kurapika pendendam, dan mantan pembunuh bayaran Killua. Untuk mencapai tujuan dan keinginan mereka sendiri, mereka berempat mengikuti Ujian Hunter, terkenal karena tingkat keberhasilannya yang rendah dan kemungkinan kematiannya yang tinggi. Sepanjang perjalanan mereka, Gon dan teman-temannya memulai petualangan yang menempatkan mereka melalui banyak kesulitan dan perjuangan. Mereka akan bertemu dengan sejumlah monster, makhluk, dan karakter — semuanya sambil mempelajari apa arti sebenarnya dari menjadi Hunter.