Pada tahun 2043, <Infinite Dendrogram>, VRMMO penyelaman penuh pertama yang sukses di dunia dirilis. Selain kemampuannya untuk mensimulasikan panca indera dengan sempurna, bersama dengan banyak fitur luar biasa lainnya, gim ini berjanji untuk menawarkan dunia yang penuh dengan kemungkinan tak terbatas kepada para pemain. Hampir dua tahun kemudian, calon mahasiswa baru, Reiji Mukudori, akhirnya bisa membeli salinan game tersebut dan mulai bermain. Dengan bantuan dari kakak laki-lakinya yang berpengalaman, Shuu, dan rekannya Embryo, Reiji memulai petualangan ke dunia <Infinite Dendrogram>. Apa yang akan dia temukan dan temui di dunia game ini yang dikenal dengan realisme luar biasa dan kemungkinan tak terbatasnya?