United Earth Sphere Alliance adalah organisasi militer yang kuat yang telah menguasai bumi dan koloni luar angkasa dengan tangan besi selama beberapa dekade. Ketika koloni memproklamasikan penentangan mereka terhadap hal ini, pemimpin mereka dibunuh. Sekarang, di tahun After Colony 195, pemberontak kolonial yang sengit telah meluncurkan “Operasi Meteor,” mengirimkan lima mobile suit yang kuat ke Bumi untuk membalas dendam. Dibuat dari material yang hampir tidak bisa dihancurkan yang disebut Paduan Gundanium, “Gundam” ini memulai serangan terhadap Aliansi dan sub organisasinya OZ.
Seorang Gundam, yang pilotnya mengambil nama pemimpin koloni yang terbunuh Heero Yuy, terpaksa melakukan pendaratan darurat ke laut setelah pertempuran atmosfer melawan pilot andalan OZ, Zechs Marquise. Saat tiba di darat, dia ditemukan oleh Relena Peacecraft, putri seorang politisi pencari perdamaian, yang menyaksikan turunnya Heero ke Bumi. Meskipun keduanya belum menyadarinya, pertemuan ini akan berdampak besar pada kehidupan mereka, serta kehidupan di Bumi dan di koloni luar angkasa.