Menuju serialisasi ketiga mereka, manga duo Moritaka Mashiro dan Akito Takagi — juga dikenal dengan nama pena mereka, Muto Ashirogi — semakin dekat dengan impian mereka akan adaptasi anime. Namun, tantangan sebenarnya baru saja dimulai: jika mereka tidak dapat bersaing dengan artis Eiji Niizuma di peringkat dalam kurun waktu enam bulan, mereka akan dibatalkan. Selain itu, banyak saingan dekat di belakang dan menyatakan perang. Mereka bahkan tidak punya cukup waktu untuk memikirkan anime!
Di Bakuman. Musim ke-3, Muto Ashirogi harus menemukan cara untuk tetap berada di puncak gunung kolosal yang dikenal sebagai peringkat Shounen Jack. Dengan masalah baru dan asisten baru, pasangan ini terus berjuang untuk impian mereka.