Hope’s Peak Academy adalah sekolah menengah elit yang hanya menerima siswa paling berbakat. Individu yang berhasil mendaftar menerima gelar unik mereka sendiri, yang mencerminkan keterampilan dan sifat mereka. Dari lima belas kandidat yang diterima di sekolah aneh tahun itu, Makoto Naegi adalah individu yang benar-benar biasa yang telah diterima secara kebetulan, dengan gelar “Keberuntungan Tingkat Sekolah Tinggi Super.”
Naegi dan teman-teman sekelasnya pada awalnya sangat gembira karena terpilih untuk belajar di institusi bergengsi ini, namun perasaan bahagia tersebut hanya berumur pendek. Mereka segera dihadapkan oleh Monokuma, kepala sekolah dan beruang penghuni, yang menjebak mereka di dalam sekolah. Harapan para murid untuk melarikan diri dan kelulusan bergantung pada salah satu dari mereka yang berhasil membunuh salah satu teman mereka tanpa ketahuan. Namun, jika si pembunuh tertangkap, dia akan dieksekusi, dan korban yang tersisa akan dibiarkan melanjutkan pertandingan kematian sampai hanya satu pemenang yang tersisa.