Pertama ada amukan Meicoomon, dan kemudian reboot akhirnya terjadi. Taichi dan teman-temannya meninggalkan Meiko dalam kesedihannya, dan menuju Dunia Digital.
Mereka bersatu kembali dengan mitra mereka Digimon, yang telah kehilangan semua ingatan mereka hingga saat ini. Meski begitu, DigiDestined memutuskan untuk menjangkau dan membangun kembali ikatan tersebut, dan Digimon mereka merespons dengan baik. Satu-satunya pengecualian adalah Biyomon, yang secara terbuka waspada bahkan setelah pindah ke panggung Rookie …
“Sudah kubilang, aku tidak tahu apa-apa tentang ‘masa lalu’!”
Kebaikan Sora dalam mendahulukan orang lain hanya membuat Biyomon semakin curiga. Hal ini membuat Sora terpana dan terluka, dan Taichi dan Yamato tidak tahu harus berkata apa padanya.
Saat semua orang mendiskusikan apa yang harus mereka lakukan dari sini di Dunia Digital, Meicoomon tiba-tiba muncul dan kemudian menghilang. Untuk beberapa alasan dia masih memiliki ingatannya, saat dia berkeliaran dengan air mata berlinang, mencari Meiko. Melihat ini memperkuat tekad anak-anak untuk melakukan perjalanan melalui Dunia Digital untuk menyelamatkan Meicoomon. Tapi kemudian di depan mata mereka muncul pria yang pernah bersama Dark Masters.
Sementara di dunia nyata, Nishijima mendapat kabar bahwa Himekawa telah hilang. Saat dia menyelidiki, dia menentukan bahwa ada beberapa agenda tersembunyi di balik perilakunya sampai saat ini. Itu ada hubungannya dengan peristiwa di masa lalu yang menentukan takdir mereka berdua …
Petualangan sekarang berkembang sekali lagi …