Gakusen Toshi Asterisk Musim ke-2 melanjutkan kisah siswa Genestella Ayato Amagiri dan Julis-Alexia von Riessfeld, yang telah maju ke babak berikutnya dari Phoenix Festa setelah pertempuran yang panjang dan berat dengan saudara perempuan Irene dan Priscilla Urzaiz.
Terlepas dari upaya terbaik Julis dan Ayato, fakta bahwa kekuatan Ayato telah disegel bukan lagi rahasia. Sekarang dalam posisi yang sangat tidak menguntungkan, keduanya harus membuat rencana jika mereka memiliki harapan untuk memenangkan Phoenix Festa. Hanya satu hal yang pasti: masalah yang menuju ke arah mereka hanya akan semakin tidak dapat diatasi mulai dari sini.