Setelah satu tahun absen, Shinpachi Shimura kembali ke Edo, hanya untuk menemukan kejutan yang mengejutkan: Gintoki dan Kagura, sesama anggota Yorozuya, telah menjadi karakter yang sangat berbeda! Melarikan diri dari markas Yorozuya dalam kebingungan, Shinpachi menemukan bahwa semua penghuni Edo telah mengalami perubahan yang sangat ekstrim, baik dalam penampilan maupun kepribadian. Yang paling luar biasa, saudara perempuannya Otae telah menikah dengan kepala Shinsengumi dan penguntit yang tidak tahu malu Isao Kondou dan sedang hamil anak pertama mereka.
Bingung, Shinpachi setuju untuk bergabung dengan Shinsengumi atas permintaan Otae dan Kondou dan menemukan transformasi yang lebih mengejutkan sedang terjadi baik di dalam maupun di luar jajaran organisasi. Namun, mengetahui bahwa Wakil Kepala Toushirou Hijikata tetap tidak berubah, Shinpachi dan sekutu Shinsengumi yang tidak terduga berangkat untuk mengembalikan kota Edo seperti yang mereka ingat.
Dengan lelucon yang lebih kotor, parodi yang mengolok-olok, dan referensi yang tidak tahu malu, Gintama mengikuti tim Yorozuya melalui lebih banyak kesialan di dunia Edo yang dinamis dan dipenuhi alien.