Di tahun-tahun terakhir era Bakumatsu hiduplah seorang pembunuh bayaran legendaris yang dikenal sebagai Hitokiri Battousai. Ditakuti sebagai pembunuh tanpa ampun, dia tak tertandingi di seluruh negeri, tetapi menghilang secara misterius di puncak Revolusi Jepang. Sudah sepuluh tahun damai sejak itu, tetapi penyebutan Battousai masih menimbulkan teror di hati para veteran perang.

Tanpa sepengetahuan mereka, Battousai telah meninggalkan gaya hidupnya yang berlumuran darah dalam upaya untuk bertobat atas dosa-dosanya, sekarang hidup sebagai Kenshin Himura, pendekar pedang pengembara dengan sikap ceria dan kemauan yang kuat. Bersumpah tidak akan membunuh lagi, Kenshin mendedikasikan dirinya untuk melindungi yang lemah. Suatu hari, dia menemukan Kaoru Kamiya di dojo kendo miliknya, yang diancam oleh penipu yang mengaku sebagai Battousai. Setelah menerima bantuan dari Kenshin, Kaoru mengizinkannya untuk tinggal di dojo, dan mantan pembunuh bayaran itu untuk sementara menghentikan perjalanannya.

Rurouni Kenshin: Meiji Kenkaku Romantan menceritakan kisah Kenshin saat ia berusaha menyelamatkan mereka yang membutuhkan penyelamatan. Namun, ketika musuh dari masa lalu dan masa kini mulai muncul, akankah pembunuh yang telah direformasi mampu menegakkan cita-citanya yang baru?