Setelah berakhirnya Operasi Pemusnahan Keluarga Tsukiyama, anggota Commission of Counter Ghouls (CCG) telah tumbuh secara eksponensial dalam kekuasaan dan terus mengejar tujuan mereka untuk memusnahkan setiap ghoul di Jepang. Setelah mengundurkan diri dari Quinx Squad, Haise Sasaki yang sekarang tampak tanpa emosi mulai mengambil lebih banyak tugas dari CCG tanpa memperhatikan kesulitannya. Terlepas dari ekspresi kosongnya, ingatan Ken Kaneki muncul kembali di Haise, meninggalkannya dalam keadaan konflik internal. Sementara itu, perilaku baru yang berhati dingin mempengaruhi orang-orang di sekitarnya. Quinx Squad dibiarkan berantakan, harus menghadapi kematian salah satu anggota mereka tanpa dukungan dari mantan mentor mereka.
Di tengah kekacauan ini, Quinx Squad dan Haise harus terus menjalankan tugasnya di CCG, baik dengan sukarela atau tidak. Namun, kehadiran kelompok misterius di belakang CCG telah diketahui oleh Haise, dan bisikan korupsi tertentu juga tidak pernah terdengar oleh Pasukan Quinx.